合伙人擅自挪用工程回款违法，可起诉要求返还并赔偿损失。依据《刑法》相关规定，挪用资金数额较大可构成犯罪，需承担刑事责任，可能面临三年以下有期徒刑或拘役，数额巨大或不退还者，刑罚更重。不及时处理可能导致资金流失，企业运营受阻。
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合伙人挪用资金需追责。操作方式：1.收集证据，如账目、转账记录等；2.若金额小，尝试协商解决，要求归还并赔偿；3.若协商无果或金额大，立即报警并提起民事诉讼；4.在诉讼中，依据《刑法》追究其刑事责任，要求法院判决返还资金及赔偿损失。
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法律上可通过起诉或协商处理此问题。起诉能要求返还资金并赔偿，协商则更快捷但需双方同意。建议根据挪用金额、影响及双方关系选择处理方式，金额大或影响严重时优先考虑起诉。