工商局一般不直接接受股东代持协议备案。根据《合同法》，只要代持协议合法有效，即双方真实意愿且不违法，就具有法律效力。不及时处理可能导致权益纠纷，影响公司运营。
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股东代持协议常见处理是确保合法有效并内部留存。若需对外证明，可考虑公证或律师见证。选择方式需根据具体情况，如协议复杂性、双方信任度等。
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工商局不备案代持协议。处理方式：1.确保协议合法有效，双方签字盖章；2.协议内部留存，必要时可公证；3.如涉及纠纷，及时咨询律师并采取法律措施。